Usando a ferramenta de merge do IntelliJ IDEA no Git

Configurar o comando para o merge em ~/.gitconfig:

[merge]
        tool = idea
[mergetool]
        keepBackup = false
[mergetool "idea"]
        cmd = idea merge "$REMOTE" "$LOCAL" "$BASE" "$MERGED"
        trustExitCode = true

Quando rolar um conflito (em um pull por exemplo), só executar o comando git mergetool que será aberto só a janela de merge do IntelliJ arquivo por arquivo que deu conflito